Агенцията е централизирана административна структура към министъра на финансите.
Агенцията е юридическо лице - второстепенен разпоредител с бюджетни кредити към министъра на финансите, със седалище София, ул. "Г. С. Раковски" 47.
Издръжката на агенцията се формира от бюджетни средства и от приходите по чл. 14 от Закона за митниците, на които агенцията е администратор.
Агенцията е структурирана в Централно митническо управление и десет митници -Аерогара София, Бургас, Варна, Лом, Пловдив, Свиленград, Свищов, Столична, Русе и Югозападна.
Митниците се ръководят от началници, които отговарят пряко за дейността на съответните митнически учреждения.
Общата численост на персонала на агенцията е 3337 щатни бройки, от които 576 щатни бройки е числеността на Централно митническо управление.
В рамките на общата численост на персонала на агенцията се определя по един представител на агенцията в Постоянното представителство на Република България към Европейския съюз в Брюксел, Белгия, в Световната митническа организация в Брюксел, Белгия, и в Регионалния център за борба с трансграничната престъпност към Инициативата за сътрудничество в Югоизточна Европа със седалище Букурещ, Румъния.
Администрацията на Централното митническо управление на агенцията е организирана в 4 дирекции обща администрация, 9 дирекции специализирана администрация, както и Звено по сигурността на информацията и Звено за вътрешен одит.
Организацията и дейността на териториалните митнически учреждения (митници) се определя с правилници, приети от министъра на финансите, предложени от директора на агенцията.